前述的抗體改造技術、分子展示技術構建出的人源化單克隆抗體要經過篩選才能大量獲得。良好的篩選方法對于最大程度地富集到特異性好、親和力高的新抗體有重要的意義。目前認為可通過構建大容量抗體庫、嚴格篩選條件、優化篩選策略等方法來從抗體庫中獲得高親和力抗體。以下以噬菌體抗體庫的篩選為例進行說明，其篩選主要包括淘篩和鑒定兩個步驟。淘篩是指將噬菌體抗體庫與特定的抗原共同孵育，經過數論的洗脫后收集結合的噬菌體，將其用來感染細菌并擴增，之后再經過3~輪的吸附-洗脫-擴增循環，富集到于抗原特異性結合的噬菌體感染的多克隆菌株;鑒定是指將淘篩出的噬菌體感染細菌鋪板后，從多克隆菌株中挑選出高特異性的單克隆菌株。篩選方法主要有固相或液相純化抗原篩選法、全細胞篩選法、組織切片篩選法、體內篩選法，分別詳述如下。

(1)固相或液相純化抗原篩選法：是經典的、傳統的純化方法。固相篩選是指將抗原包被再固相介質上，如酶標板、試管、親和層析柱等，然后加入待篩的抗體庫，一段時間洗脫掉非親和性的抗體，收集高親和力的抗體，這種方法操作簡單，但需要大量的純化或重組抗原。液相篩選是指借助生物素、親和素，在液相反應體系中提純抗體，可以通過將抗原與生物素相連后固定在包被有鏈親和素的順磁珠上對噬菌體抗體庫進行篩選，或者將生物素化的抗原先與噬菌體庫相互作用，然后加入偶聯有鏈親和素的磁珠，富集能與抗原結合的噬菌體抗體。經典篩選技術的前提條件是目標抗體所靶向的抗原明確且能得到純化品，對于抗原無法提純、抗原性質不確定或經傳統篩選會發生抗原失活者不適用。

(2)全細胞篩選法：指用完整的全細胞系來提純抗體庫，適合于抗原不能提純、性質不明確(如腫瘤抗原)者，全細胞篩選要求目標抗原要有較高的表達水平，可以在篩選前先用不表達目標抗原的細胞進行孵育來初步提純，細胞篩選受到非特異性大、背景值髙、洗滌過程中特異性配體損失等方面的影響，抗體的富集較慢，且多次篩選會很容易丟失稀有的特異性噬菌體抗體。目前，全細胞篩選主要的方法有：扣除篩選、炎光細胞分選法、磁性細胞分選法、內化篩選等。

(3)組織切片篩選法：Tordsson等使用轉移性黑色素瘤的冰凍組織切片經固定、封閉后與噬菌體抗體庫作用，經幾輪吸附-洗脫-擴增循環后使特異的噬菌體抗體富集在切片上，此種方法可以原位結合到組織切片上，更適用于臨床，但因為抗原量有限，富集的抗體量也較少。

(4)體內篩選法：由于有些活體細胞外培養難以存活或會發生膜變性，體外可以觀察到的噬菌體抗體的特異性在體內可能不明顯或者不存在，故體內篩選具有特殊的意義。有實驗證明，這種篩選方法更適合于針對腫瘤血管內皮細胞上特異性標志物的抗體的分離篩選。